Lithospermum erythrorhizon (rode gromwell; zicao) is een medicinale en economisch waardevolle plant uit de familie Boraginaceae. Wortels uit L. erythrorhizon worden al eeuwen gebruikt op basis van de antivirale en wondgenezende eigenschappen die worden geproduceerd uit de bioactieve stof shikonine en de derivaten daarvan. Recenter zijn shikonine, zijn enantiomeer alkannine, en verscheidene andere shikonine/alkannine derivaten collectief als waardevolle natuurlijke kleurstoffen en als nieuwe drugsteigers te voorschijn gekomen. Ondanks dat er verschillende transcriptomes en proteomen zijn gegenereerd uit L. erythrorhizon, is er nog steeds geen referentiegenoom beschikbaar. Dit heeft het onderzoek beperkt naar het ontrafelen van het shikonin/alkannine-pad en het begrijpen van de evolutionaire en ecologische betekenis ervan. In dit onderzoek hebben we een de novo genoom assembly voor L. erythrorhizon verkregen met een combinatie van Oxford Nanopore Long-Read en Illumina Short-Read sequencing technologieën. Het resulterende genoom is ∼367.41 KB en 27,720 voorspelde proteïnecoderende genen. Met behulp van het L. erythrorhizon genoom identificeerden we diverse aanvullende p-hydroxybenzoaat:geranyltransferase (PGT) homologieën en geven we inzicht in hun evolutionaire geschiedenis. Phylogene analyse van prenyltransferasen duidt erop dat PGT's zijn ontstaan in een gemeenschappelijke voorouder van moderne shikonine/alkannine-producerende Boraginaënachtigen, waarschijnlijk uit een retrotranspositie-afgeleide duplicatie-gebeurtenis van een voorouderlijk prenyltransferasegen. Bovendien bleek uit het neerslaan van de expressie van LePGT1 in L. erythrorhizon harige wortellijnen dat LePGT1 in het begin van de culturele inrichting voornamelijk verantwoordelijk is voor de productie van shikonine. Samen zullen het referentiegenoom dat in deze studie wordt gerapporteerd en de verstrekte analyse over de evolutionaire oorsprong van shikonin/alkannine biosynthese leiden tot de opheldering van de rest van het traject.